Сергей Шелпаков родился 18 сентября 1956 года в городе Исилькуле Омской области. В седьмом классе он пришёл в велосекцию Чкаловского посёлка, филиал ДЮСШ – 8 города Омска. Первый тренер Шелпакова А.С. Чалов сразу отметил упорство и серьёзность начинающего спортсмена.
После двух побед на юношеском чемпионате Европы 1974 года в групповой гонке на 125 км. и в командной гонке на 75 км. в Варшаве, Сергея Шелпакова ввели в основной состав мужской сборной страны по велоспорту. Под руководством В.М. Соколова, заслуженного тренера страны, велогонщик выигрывает в 1979 году Спартакиаду народов СССР, становится многократным чемпионом страны, дважды побеждает на чемпионатах Европы.
В 1980 году Шелпаков завоёвывает свою главную золотую медаль на московской Олимпиаде в командной шоссейной гонке на 101 км., за что получает звание заслуженного мастера спорта и награждается орденом «Знак почёта».
После окончания в 1983 году Омского государственного института физической культуры и спорта, Сергей Васильевич Шелпаков работал инструктором в комитете по физической культуре и спорту омского облисполкома, потом инструктором облсовета ДСО «Буревестник», за которое ранее сам выступал на соревнованиях. Он преподавал на кафедре Омского государственного института физической культуры и спорта; с 1985 по 2002 год был директором Омской областной школы высшего спортивного мастерства при администрации Омской области. В настоящее время С.В. Шелпаков является заместителем председателя правительства Омской области, министром по делам молодёжи, физической культуры и спорта Омской области. В 2005 году за вклад в развитие физической культуры и спорта Сергей Васильевич Шелпаков был награждён медалью «За заслуги перед Отечеством» II степени.
